单细胞多样本数据无法merge合并？从Seurat v4报错到v5成功解决

发布日期：2025-11-23 08:25    点击次数：150

读取数据

> xiaonao = lapply(folders,function(folder){ CreateAssayObject(counts = Read10X(folder,gene.column = 2), project = folder, min.cells = 3, min.features = 200)})

成功CreateAssayObject创建seurat分析对象

没有merge前，先查看一下

> xiaonao[[1]]
Assay data with 24156 features for 15311 cells
First 10 features:
 Xkr4, Gm1992, Gm19938, Rp1, Sox17, Mrpl15, Lypla1, Tcea1, Rgs20, Gm16041 

[[2]]
Assay data with 24402 features for 12771 cells
First 10 features:
 Xkr4, Gm1992, Gm19938, Gm37381, Rp1, Sox17, Gm37587, Mrpl15, Lypla1,
Tcea1 

[[3]]
Assay data with 24556 features for 16530 cells
First 10 features:
 Xkr4, Gm1992, Gm19938, Gm37381, Rp1, Sox17, Gm37587, Mrpl15, Lypla1,
Tcea1 

[[4]]
Assay data with 24257 features for 13575 cells
First 10 features:
 Xkr4, Gm1992, Gm19938, Rp1, Sox17, Mrpl15, Lypla1, Tcea1, Rgs20, Gm16041

似乎没啥问题，接下来merge

> xiaonao <- merge(xiaonao [[1]], y = c(xiaonao [-1]),add.cell.ids = folders, project = "project")
Error in dimnamesGets(x, value) : invalid dimnames given for “dgCMatrix” object

报错了，检查矩阵matrix文件格式：

图片

第一列基因，第二列barcode，第三列表达量，跟10x格式一样，没问题。到底出了问题？借鉴'尧小飞’，稍作修改，还是一样的报错。

此时无计可施了，找不到问题所在。

那就死马当活马医吧，用的seurat v4版本

图片

更新为v5版本

图片

再试一下，结果出人意料的成功了

> xiaonao
An object of class Seurat 
25567 features across 58187 samples within 1 assay 
Active assay: RNA (25567 features, 0 variable features)
 2 layers present: counts, data

细胞数15311 +12771 +16530 +13575 =58187 ，没问题了。

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